由于歷史原因，我國電力市場和碳市場相對獨立運行，分別由不同的國家部委負責建設，有不同的交易平臺，在電力行業(yè)內部往往歸屬不同業(yè)務部門管理，這就造成頂層設計時尚未統(tǒng)籌考慮其關聯(lián)性、缺乏有效協(xié)同，導致市場功能重復、作用發(fā)揮不充分、覆蓋范圍有限、管理成本過高等一系列問題，一定程度上制約了電力市場和碳市場的健康、可持續(xù)發(fā)展。主要表現(xiàn)在：

一是市場功能存在重復與交叉。電力市場和碳市場均通過不同機制促進電力行業(yè)向更加清潔、高效和低碳的方向發(fā)展。電力市場中的可再生能源超額消納量交易、綠證交易、清潔能源補貼等，與碳市場中的碳配額、碳交易等政策性減排功能高度重復與交叉，大量的政策并非是一個統(tǒng)一規(guī)劃下的有序整體，而是應時而為的獨立個體。

二是作用發(fā)揮不充分、不到位。電力市場和碳市場均僅局限于一定區(qū)域、一定品種的交易，跨省跨區(qū)交易存在交易產品單一、市場流動性不足等壁壘。市場大范圍資源優(yōu)化配置、豐富產品供給、激發(fā)市場主體活力等優(yōu)勢無法充分發(fā)揮，導致市場缺乏活力和吸引力。

三是市場覆蓋范圍有限。電力市場中經營性電力用戶發(fā)用電計劃尚未全面放開，市場化交易電量占比還有提升空間，未能實現(xiàn)電力資源的最優(yōu)化配置。碳市場主要管控電力行業(yè)及少部分工業(yè)部門的碳排放，交通、建筑等能源全產業(yè)鏈的相關行業(yè)未有效納入管控范圍，未能實現(xiàn)最大化降低碳排放。

四是經營成本過高。電力市場和碳市場的交易、監(jiān)管等機構大多獨立運作，給交易履約帶來一定的管理成本。從碳市場試點經驗看，總體上對于發(fā)電行業(yè)控排企業(yè)的配額分配趨于嚴格，配額指標逐年縮減，發(fā)電行業(yè)控排企業(yè)目前均以購買配額或核證減排量(Certified Emission Reduction，CER)的方式履約，碳履約成本逐年遞增。